Revelan resultados de 11 laboratorios que realizan detección de Piscirickettsia salmonis en Chile
Los resultados revelaron variaciones entre los laboratorios de la red de Sernapesca, incluyendo falsos positivos, sugiriendo la necesidad de estandarizar protocolos de qPCR para la detección de P. salmonis.
A pesar de que la PCR produce resultados precisos y rápidos, los laboratorios diagnósticos de la salmonicultura cuentan con diferentes protocolos de PCR en tiempo real (qPCR) y de transcriptasa reversa (RT-qPCR) para la detección de Piscirickettsia salmonis.
Cada laboratorio utiliza diferentes primers y sondas, métodos de extracción, templado (ARN o ADN), reactivos y termocicladores, y valores de corte para la interpretación de los resultados como positivos o negativos. Este hecho puede conducir a una variación en la precisión de los resultados de las qPCR y a la capacidad del laboratorio para detectar distintas cepas del patógeno en tejidos.
En el contexto del histórico y conocido Programa para la Gestión Sanitaria en la Acuicultura (PGSA), financiado por el Fondo de Inversión Estratégica (FIE), se realizó un ring test con la finalidad de comparar los resultados en la detección de P. salmonis de 11 laboratorios de la red de laboratorios de diagnóstico autorizados por Sernapesca.
Los resultados fueron publicados recientemente en el Journal of Fish Diseases por científicos del laboratorio Pathovet, la Pontificia Universidad Católica de Chile, la Universidad de Prince Edward Island y Sernapesca.
En la investigación se da a conocer que el ring test consistió en un panel de 14 muestras para cada laboratorio compuestas por: duplicados de tres concentraciones de P. salmonis en tejido de la cabeza del riñón homogeneizado, bacterias de los genotipos LF-89 y EM-90, y dos controles negativos (un blanco y una suspensión de Flavobacterium psychrophilum).
Falsos positivos
Entre los resultados se especifica que sólo 3 de los 11 laboratorios clasificaron las 14 muestras correctamente como positivas o negativas, no obstante, todos los laboratorios identificaron correctamente los dos genotipos (LF-89 y EM-90) y las muestras de carga media (Ct esperado de 25) y alta (Ct esperado de 20).
Adicionalmente, de todos los laboratorios, 8 (72,7 %) tuvieron al menos un resultado incorrecto de 14 muestras analizadas. Las muestras de baja concentración (Ct de aproximadamente 30) se clasificaron incorrectamente con mayor frecuencia mediante RT-qPCR (3/6 laboratorios) que mediante qPCR (0/5).
También, 6 laboratorios (54,5 %) tuvieron al menos un resultado falso positivo, indicando que “era probable que hubiera contaminación cruzada durante el procesamiento de las muestras”, explicaron los investigadores.
En base a estos resultados, los expertos recomiendan que se considere la posibilidad de armonizar los protocolos de qPCR para reducir la variación inherente asociada con el uso de diferentes protocolos, aunque esto no explicaría otras fuentes de variación, como el uso de diferentes instrumentos, software y kits.
De la misma forma propusieron hacer una revisión de los Procedimientos Operativos Estándar (SOP) para las pruebas de qPCR (incluido el uso de controles apropiados) utilizadas por los laboratorios con resultados falsos positivos y falsos negativos para garantizar que cumplan con los estándares mínimos del sistema de gestión de calidad.
“En este contexto, es importante señalar que todos los laboratorios autorizados emplean SOP estandarizados y utilizan controles positivos y negativos que apuntan a reducir los errores de diagnóstico, pero la revisión de estos protocolos de acuerdo con las necesidades emergentes debe contribuir a aumentar la precisión diagnóstica de todo el sistema”, concluyeron los científicos.
Lea el abstract del estudio titulado “Inter-Laboratory Comparison of qPCR Assays for Piscirickettsia salmonis in Atlantic Salmon (Salmo salar L.) in 11 Chilean Laboratories”, aquí.